Az Elnökség a Társulat irányító szerve, tagjait a Tisztújító Közgyűlés titkos szavazással három évre választja meg.
Elnökség 2024-2027
Elnök: M. Tóth Tivadar
Társelnökök: Hartai Éva, Sztanó Orsolya, Főzy István, Leél-Őssy Szabolcs
Főtitkár: Zajzon Norbert
Titkár: Leskó Máté
Elnökség 2021-2024
Elnök: M. Tóth Tivadar
Társelnökök: Geiger János, Haas János, Piros Olga, Zajzon Norbert
Főtitkár: Babinszki Edit
Titkár: Botfalvai Gábor
Elnökség 2018-2021
Elnök: Budai Tamás
Társelnökök: Geiger János, Haas János, Leél-Őssy Szabolcs, Zajzon Norbert
Főtitkár: Babinszki Edit
Titkár: Kovács Kis Viktória
Elnökség: 2015-2018
Elnök: Baksa Csaba
Társelnökök: Hámor Tamás, Mindszenty Andrea, Sőreg Viktor, Unger Zoltán
Főtitkár: Cserny Tibor
Titkár: Tóth Judit
Elnökség: 2012-2015
Elnök: Baksa Csaba ( † 2019) Életútja Önéletrajzi írása Horn János könyvében
Társelnökök: Hámor Tamás, Leél Őssy Szabolcs, Sőreg Viktor, Unger Zoltán
Főtitkár: Cserny Tibor
Titkár: Klima Krisztián
Elnökség: 2009-2012
Elnök: Haas János
Társelnökök: Mindszenty Andrea, Vörös Attila
Főtitkár: Unger Zoltán
Titkár: Babinszki Edit
A Magyarhoni Földtani Társulat korábbi elnökei a megválasztásuk évével:
| M. Tóth Tivadar 2021 | Budai Tamás 2018 | Baksa Csaba 2012 |
| Haas János 2006 | Brezsnyánszky Károly 2000 | Bérczi István 1993 |
| Kecskeméti Tibor 1991 | Hámor Géza 1986 | Dank Viktor 1972 |
| Nemecz Ernő 1966 | Kertai György 1960 | Horusitzky Ferenc 1958, majd lemondása után Sztrókay Kálmán |
| Vadász Elemér 1954 | Vitális Sándor 1952 | Szádeczky-Kardoss Elemér 1951 |
| Vadász Elemér 1949 | Papp Simon 1947 | Vitális István 1945 |
| Papp Simon 1941 | Papp Károly1940 | Vendl Aladár 1932 |
| Mauritz Béla 1923 | Pály Móric 1920 | Szontagh Tamás 1916 |
| Schafarzik Ferenc 1910 | Koch Antal 1904 | Telegdi Roth Lajos 1901 |
| Böckh János 1895 | Szabó József 1883 | Reitz Frigyes1870 |
| Kubinyi Ferenc 1865 | Kubinyi Ágoston 1850 |